Gyermekkorát két testvérével, Attilával és Jenővel együtt Csikvándon töltötte. Édesapja, Kristóf Kálmán falusi tanító volt, aki fiatalon verseket is írt. Kilencéves, amikor Kőszegre költöztek. Édesapját 1948-ban többéves börtönbüntetésre ítélték, emiatt családja szétszakadt.

Kristóf Ágota Szombathelyen bentlakásos kollégistaként végezte el a Szombathelyi Állami Általános Kanizsai Dorottya Leánygimnáziumot, mivel Kőszegen nem volt leánygimnázium. Első verseit 14 évesen diákévei alatt írta. 1954-ben, röviddel az érettségi után, férjhez ment korábbi történelemtanárához.

1956-ban férjével és néhány hónapos kislányával Svájcba emigrált, és Neuchâtelben telepedett le. Itt óragyárban dolgozott, később eladó lett, azután fogászati asszisztens. Új hazájában kezdetben magyarul írt, főként az asztalfióknak. Költeményeit a Párizsban megjelenő Irodalmi Újság és a Magyar Műhely közölte. Miután megtanult franciául, francia nyelven kezdett el írni , először hangjátékokat és színdarabokat, majd elbeszélő műveket. Időközben első férjétől elvált, majd ismét férjhez ment, második házasságából egy leánya és egy fia született.

1986-ban jelent meg első regénye, Le Grand Cahier, a A nagy füzet. A regény filmadaptációja nyerte el a 48. Karlovy Vary-i Nemzetközi Filmfesztiválon a Kristály Glóbuszt 2013 júliusában. A filmet Szász János rendezte. A nagy füzetet is magába foglaló Trilógia című kötetet 2013-ban, a filmbemutatóval összhangba újra kiadta a Cartaphilus Könyvkiadó. A kötet megjelenésétől fogva szerepel a Bookline sikerlistáján, több ezer példányban kelt el. A regényből Erick Aufderheyde készített színpadi adaptációt, amit 2013. február 15-én mutatott be a Forte Társulat Horváth Csaba (koreográfus) rendezésében a Szkéné Színházban. Ugyan ebben az évben a színikritikusok három díjra is jelölték a fizikai színházi előadást: legjobb előadás, legjobb független előadás és a legjobb zene kategóriában.

Kristóf Ágota számára az igazi sikert ezek a franciául írt regények hozták el. Műveit több mint negyven nyelvre fordították le. Drámái közül többet színre vittek. Magyarul megjelent prózai művei fordítások.

Ölbei Lívia visszaemlékezése alapján a Vas Népe című napilapban megjelent rá emlékező írásban a Kőszegi Városi Könyvtárban, még 1997-ben tartott találkozóján elhangzott vallomásaira így emlékszik a szerző: „Nem szeretek kimenni az utcára. Félek, hogy rám ismernek, ott a városomban. Szeretném, ha senki se tudná, hogy mit csinálok. Idegen országokban nem bánom, de a megszokott környezetemben zavar…”,, majd így folytatta: „Azt is mondta, hogy ha nem lenne ennyire nehezen megközelíthető, visszaköltözne Kőszegre.”.

Hamvait a kőszegi temetőben helyezték örök nyugalomra. 2011 decemberében a városban az írónőről elnevezett irodalmi kutatóműhelyt hoztak létre.